بدأت فكرة المتحف المصري الكبير بالظهور في أواخر القرن العشرين. وفي عام 2002، تم وضع حجر الأساس لمشروع المتحف، في موقع استثنائي يطل على أهرامات الجيزة الخالدة. وقد أعلنت الدولة المصرية، برعاية منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة (اليونسكو) والاتحاد الدولي للمعماريين، عن مسابقة عالمية للتصميم المعماري للمتحف. وفازت شركة هينغان بينغ الأيرلندية بالتصميم المقترح.
اعتمد المصممون في رؤيتهم على مفهوم هندسي يقوم على فكرة أن كتلة مخروطية الشكل من المتحف المصري الكبير تمتد من قمم الأهرامات الثلاثة وتلتقي عندما تتحد أشعة الشمس.
بدأت أعمال البناء في مايو 2005 بعد تسوية وتجهيز موقع المشروع. وخلال عام 2006، تم إنشاء أكبر مركز للترميم والفنون والآثار في الشرق الأوسط بهدف ترميم وصيانة وتجهيز القطع الأثرية المقرر عرضها في قاعات المتحف. وقد تم تأسيس هذا المركز وافتتاحه عام 2010.
وفي عام 2016 صدر قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 2795 بإنشاء وتنظيم هيئة المتحف المصري الكبير. وفي عام 2020 صدر القانون رقم 9 لإعادة تنظيم هيئة المتحف المصري الكبير بوصفها هيئة عامة اقتصادية تتبع الوزير المختص بشؤون الآثار.
وقد أصدر فخامة رئيس جمهورية مصر العربية مرسومًا بتشكيل مجلس أمناء هيئة المتحف المصري الكبير برئاسته، ويضم نخبة من الشخصيات والخبراء المصريين والدوليين. وتتمثل مسؤوليات المجلس في اعتماد السياسات العامة والخطط اللازمة لعمل الهيئة، فضلًا عن دعم ومتابعة أنشطتها.
ومن ناحية أخرى، يُدار المتحف من قِبل مجلس إدارة يرأسه الوزير المختص، ويضم كلًّا من:
-
الرئيس التنفيذي لهيئة المتحف المصري الكبير
-
الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار
-
الرئيس التنفيذي لهيئة المتحف القومي للحضارة المصرية
-
الرئيس التنفيذي للهيئة المصرية العامة لتنشيط السياحة
-
الرئيس التنفيذي للهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة
-
رئيس الاتحاد المصري للغرف السياحية
-
المستشار القانوني للوزير
إضافة إلى مجموعة من الخبراء في مجالات:
الآثار، الاقتصاد، التشريعات، الإدارة، التعاون الدولي، والتسويق.